Analisis Virtual Screening Senyawa Alami Kandidat Agonis PPAR

Abstract

Senyawa alami pada tanaman berpotensi memiliki aktivitas antikanker, antioksidan, antiinflamasi, dan anti penuaan. Penuaan merupakan suatu proses yang bersifat universal, progresif, endogen, ireversibel, dan merusak. Agonis berperan dalam aktivitas PPAR-γ terkait patofisiologi osteoporosis yang berkaitan dengan usia dengan meningkatkan jumlah adiposit dalam sumsum tulang dan penurunan jumlah osteoblas, serta penyakit terkait usia, seperti diabetes tipe II, obesitas, atherosklerosis, dan penyakit kardiovaskular. Pioglitazone merupakan salah satu derivat Thiazolidinediones TZD. Oleh karena itu, penelitian ini ditujukan untuk mencari senyawa alami kandidat agonis PPAR-γ yang memiliki pola pengikatan yang sama dengan senyawa pioglitazone, dimana pioglitazone telah diketahui sebagai agonis dari PPAR-γ dan termasuk dalam kelompok thiozolidineiones. Ligand binding domain dan entry code dari PPAR-γ didapatkan dari UniPort. Entry code yang digunakan dalam penelitian ini adalah 2XKW. Pdb file dari 2XKW diperoleh
dari the RCSB PDB akan digunakan untuk validasi struktur 3D dan virtual screening. Validasi struktur 3D PPAR-γ menggunakan SAVES websever. Virtual screening (VS) yang dilakukan pada penelitian ini menggunakan MTiOpenScreen webserver, dan software Pyrx 0,8. Hasil virtual screening divisualisasikan dengan software PyMol dan LigPlot. Berdasarkan binding affinity dan hasil interaksi dengan menggunakan software PyMol dan LigPlot disimpulkan bahwa senyawa ochnaflavone dengan kode ZINC28462577 memiliki potensi sebagai kandidat agonis PPAR-γ karena sama-sama mengikat Cys285 dan Arg288 melalui interaksi hidrofobik.